Sau khi dẹp được nhà Hậu Trần, quân Minh quay sang dẹp các cuộc khởi nghĩa nhỏ khác.

Em Trùng Quang Đế là Trần Quý Tám thu thập tàn quân Hậu Trần khởi binh. Một tông thất khác cũng có tên là Trần Nguyệt Hồ (không phải Trần Nguyệt Hồ khởi nghĩa ở Bình Than năm 1407) cũng nổi dậy. Một vài cánh quân nhỏ khác hưởng ứng như Nguyễn Tông Biệt, Hoàng Thiêm Hữu.

Nông Văn Lịch ở Lạng Sơn sau khi giết được tướng người Việt là Tham chính Mạc Thúy (năm 1410) vẫn tụ tập quân lính chẹn lấp đường đi lại của quân Minh, giết được nhiều quân địch. Nhưng sau đó Nông Văn Lịch lại thông dâm với vợ của cấp dưới, binh sĩ tức giận giết chết[2].

Nguyễn Liễu ở Lý Nhân chiêu tập người các huyện Lục Na, Vũ Lễ đánh quân Minh trong mấy năm. Sau đó lực lượng của Trùng Quang Đế bị yếu thế, đường bị ngăn trở không thông, quân của Nguyễn Liễu bị tan vỡ dần. Tham nghị người Việt theo quân Minh là Nguyễn Huân giả vờ kết thông gia với Nguyễn Liễu rồi dụ ông đến giết chết[2].

Các lực lượng khởi nghĩa nhỏ nhanh chóng bị dẹp, chỉ còn vài phong trào với quy mô hẹp và không ảnh hưởng tới sự cai trị của nhà Minh như Trần Quý Tám ở Tĩnh An (Quảng Ninh), Nguyễn Tống Biệt ở Hạ Hồng,...

Lúc này nhà Minh cho rằng sự bình định ở Giao Chỉ cơ bản đã hoàn thành, nên điều Trương Phụ cùng một phần lớn đạo quân viễn chinh về nước. Việc đánh dẹp và chiếm giữ được giao lại cho các đạo quân phần nhiều gồm binh lính mộ bản xứ và có các chỉ huy là người Việt. Đây có lẽ là lý do sự chiếm đóng của nhà Minh nhanh chóng sụp đổ khi các binh lính người Việt này nổi dậy hoặc hưởng ứng các cuộc nổi dậy sau này.[10]